Gemma データベース移行手順ガイド【2026年最新】

2026年7月17日

Contents

1 Gemma データベースの構成要素とバージョン確認
2 公式バックアップ取得手順と暗号化キー管理
3 Docker イメージでのデータ取得・エクスポート
4 新環境へのインストール手順：Docker Compose と Conda の両対応
- 4.1 Docker Compose 用設定ファイル（docker‑compose.yml）
- 4.2 Conda 環境用設定ファイル（environment.yml）
  - 4.2.1 Conda 環境でのサービス起動手順
5 スキーマバージョン管理・マイグレーションとデータ整合性チェック
- 5.1 Flyway 設定例（flyway.conf）
  - 5.1.1 マイグレーション実行
- 5.2 整合性チェックの自動化スクリプト（check_integrity.sh）
6 ダウンタイム削減策・セキュリティ設定・パッチ適用・トラブルシューティング
7 まとめ

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Gemma データベースの構成要素とバージョン確認

Gemma は遺伝子発現データを統合・検索できるオープンソースプラットフォームで、PostgreSQL、Elasticsearch、ファイルストレージ の 3 層アーキテクチャが基本です。各コンポーネントのバージョンが揃っていないとマイグレーション時に互換性エラーが頻発するため、本セクションでは公式ドキュメント（2024‑11 更新）に基づく推奨バージョンと、実際に稼働中のバージョンを確認する手順を解説します。

PostgreSQL のバージョン確認

PostgreSQL はメタデータ・実験情報を永続化する中心的なリレーショナル DB です。以下のコマンドでサーバー側とクライアント側双方のバージョンを取得できます。

# サーバーバージョン（psql 接続後）
psql -U gemma_user -h $DB_HOST -c &quot;SELECT version();&quot;

# クライアントツールのバージョン
psql --version

# サーバーバージョン（psql 接続後）

psql -U gemma_user -h $DB_HOST -c "SELECT version();"

# クライアントツールのバージョン

psql --version

目安：公式では PostgreSQL 13.x 系が推奨されています。12 系以下は非対応機能（例: パーティショニング）に注意してください。

Elasticsearch のバージョン確認

検索インデックスを担当する Elasticsearch は、Gemma 2.5.0 以降で 8.x 系 が公式サポートとなります。現在稼働中のバージョンは次のように取得します。

curl -s http://localhost:9200 | jq '.version.number'
# 例）8.9.1

curl -s http://localhost:9200 | jq '.version.number'

# 例）8.9.1

チェックリスト
GET /_cat/indices?v が正常に返るか
/_cluster/health のステータスが green であること

ファイルストレージの確認ポイント

バイオロジーデータ（FASTQ、BAM 等）は容量が大きくなるため、NFS 互換ファイルシステムまたは S3 互換オブジェクトストアを使用します。マウントポイントやバケットポリシーが正しく設定されているか、次の点を確認してください。

項目	確認方法
NFS マウント可否	`showmount -e $NFS_SERVER`
S3 バケットアクセスポリシー	`aws s3api get-bucket-policy --bucket <bucket>`
書き込み権限	`touch /path/to/storage/.test && rm /path/to/storage/.test`

公式バックアップ取得手順と暗号化キー管理

信頼性の高いバックアップは、障害復旧だけでなく法規制遵守（例: GDPR）にも不可欠です。本節では pg_dump と Gemma が提供する gemma-export スクリプトを組み合わせた手順に加え、暗号化キーの安全な保管・ローテーション方法を具体的に示します。

1. pg_dump によるデータベースダンプ（AES‑256 暗号化）

# 鍵は Vault または AWS KMS から取得し、環境変数 $ENC_KEY に格納済みと想定
pg_dump -U gemma_user -h $DB_HOST -Fc --no-owner --no-privileges \
    --compress=9 gemma_db | openssl enc -aes-256-cbc -salt \
    -pass env:ENC_KEY -out backup_gemma.dump.enc

# 鍵は Vault または AWS KMS から取得し、環境変数 $ENC_KEY に格納済みと想定

pg_dump -U gemma_user -h $DB_HOST -Fc --no-owner --no-privileges \

--compress=9 gemma_db | openssl enc -aes-256-cbc -salt \

-pass env:ENC_KEY -out backup_gemma.dump.enc

-Fc はカスタム形式で、リストア時にテーブル単位の復元が可能です。
暗号化キーは 平文で保存しない ことが原則です。以下のように外部シークレット管理ツールから取得します。

# HashiCorp Vault 例
export ENC_KEY=$(vault kv get -field=key secret/gemma/backup-key)

# HashiCorp Vault 例

export ENC_KEY=$(vault kv get -field=key secret/gemma/backup-key)

2. gemma‑export スクリプトによるメタ情報エクスポート

gemma-export は Gemma ソースツリーに同梱されている CLI ユーティリティです。インストール済みかは次で確認できます。

which gemma-export &amp;&amp; gemma-export --version
# 出力例）gemma-export version 2.4.1

which gemma-export && gemma-export --version

# 出力例）gemma-export version 2.4.1

実際のエクスポート手順は以下の通りです（Docker コンテナ内部から実行する場合も同様）。

docker exec -i gemma_app bash -c &quot;\
    gemma-export --format json &gt; /tmp/gemma_meta.json &amp;&amp; \
    openssl enc -aes-256-cbc -salt -pass env:ENC_KEY -out /tmp/gemma_meta.json.enc&quot;
docker cp gemma_app:/tmp/gemma_meta.json.enc ./backup/

docker exec -i gemma_app bash -c "\

gemma-export --format json > /tmp/gemma_meta.json && \

openssl enc -aes-256-cbc -salt -pass env:ENC_KEY -out /tmp/gemma_meta.json.enc"

docker cp gemma_app:/tmp/gemma_meta.json.enc ./backup/

JSON は API 連携に最適、TSV が必要な場合は --format tsv を指定してください。
エクスポートファイルも同様に暗号化し、復号キーはバックアップと別管理します。

3. バックアップの二重保存

保存先	推奨理由
オンプレミス NAS（エアギャップ）	ネットワーク障害時の保護
クラウドオブジェクトストレージ（例: AWS S3、GCS）	地理的冗長性とライフサイクル管理

保存期間は 最低 90 日、法令で求められる場合は更に長く保持してください。

Docker イメージでのデータ取得・エクスポート

Docker 環境を利用すれば、ホスト側に依存しない再現性の高いバックアップが可能です。ただし イメージタグの公式性 と バージョン管理 が重要です。以下では Docker Hub の公式リポジトリ gemma/gemma を例に、実在確認手順と推奨タグ戦略を示します。

1. イメージの公式性を確認する方法

# Docker Hub 上の gemma リポジトリ情報取得
curl -s https://hub.docker.com/v2/repositories/gemma/gemma/tags?page_size=100 \
| jq '.results[] | .name, .last_updated' | head

# Docker Hub 上の gemma リポジトリ情報取得

curl -s https://hub.docker.com/v2/repositories/gemma/gemma/tags?page_size=100 \

| jq '.results[] | .name, .last_updated' | head

latest タグは 常に最新 ですが、突発的な破壊的変更が入る可能性があります。
本番環境では バージョンタグ（例: 2.5.0） を使用し、イメージの SHA256 ダイジェストでロックすることを推奨します。

docker pull gemma/gemma:2.5.0
docker inspect --format='{{index .RepoDigests 0}}' gemma/gemma:2.5.0
# 出力例）gemma/gemma@sha256:3a1b...

docker pull gemma/gemma:2.5.0

docker inspect --format='{{index .RepoDigests 0}}' gemma/gemma:2.5.0

# 出力例）gemma/gemma@sha256:3a1b...

2. イメージ取得・プライベートレジストリへのプッシュ

docker pull gemma/gemma:2.5.0   # 公式タグを使用
docker tag gemma/gemma:2.5.0 registry.mycompany.com/gemma:2026.03
docker push registry.mycompany.com/gemma:2026.03

docker pull gemma/gemma:2.5.0 # 公式タグを使用

docker tag gemma/gemma:2.5.0 registry.mycompany.com/gemma:2026.03

docker push registry.mycompany.com/gemma:2026.03

registry.mycompany.com は社内プライベートレジストリです。
タグ名に 年と月（YYYY.MM） を入れることで、ロールバック時の可視性が向上します。

3. コンテナ内部で pg_dump と gemma‑export を実行

docker run -d --name gemma_app \
    -v gemma_data:/var/lib/gemma \
    gemma/gemma:2.5.0

# データベースダンプ（暗号化はホスト側で実施）
docker exec gemma_app pg_dump -U gemma_user -Fc gemma_db &gt; ./backup/pg_dump.dump

# メタ情報エクスポート（暗号化含む例）
docker exec gemma_app bash -c &quot;\
    gemma-export --format json | \
    openssl enc -aes-256-cbc -salt -pass env:ENC_KEY -out /tmp/gemma_meta.json.enc&quot;
docker cp gemma_app:/tmp/gemma_meta.json.enc ./backup/

docker run -d --name gemma_app \

-v gemma_data:/var/lib/gemma \

gemma/gemma:2.5.0

# データベースダンプ（暗号化はホスト側で実施）

docker exec gemma_app pg_dump -U gemma_user -Fc gemma_db > ./backup/pg_dump.dump

# メタ情報エクスポート（暗号化含む例）

docker exec gemma_app bash -c "\

gemma-export --format json | \

openssl enc -aes-256-cbc -salt -pass env:ENC_KEY -out /tmp/gemma_meta.json.enc"

docker cp gemma_app:/tmp/gemma_meta.json.enc ./backup/

必要に応じて --cpus と --memory オプションでリソース上限を緩め、ダンプ時間の短縮が期待できます（例: --cpus=4 --memory=8g）。

新環境へのインストール手順：Docker Compose と Conda の両対応

移行先のインフラが コンテナ中心 か 軽量仮想環境 かに応じて、Docker Compose と Conda のどちらでも構築できるようにテンプレートを用意しました。ここでは公式推奨バージョン（PostgreSQL 13、Elasticsearch 8.9、Gemma CLI 2.5.0）に合わせた設定例と、実装上の注意点を示します。

Docker Compose 用設定ファイル（docker‑compose.yml）

version: &quot;3.8&quot;
services:
  postgres:
    image: postgres:13-alpine
    environment:
      POSTGRES_USER: gemma_user
      POSTGRES_PASSWORD: ${POSTGRES_PASSWORD}
      POSTGRES_DB: gemma_db
    volumes:
      - pg_data:/var/lib/postgresql/data

  elasticsearch:
    image: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:8.9.0
    environment:
      - discovery.type=single-node
      - ES_JAVA_OPTS=-Xms2g -Xmx2g
    ulimits:
      memlock:
        soft: -1
        hard: -1
    volumes:
      - es_data:/usr/share/elasticsearch/data

  gemma:
    image: registry.mycompany.com/gemma:2026.03
    depends_on:
      - postgres
      - elasticsearch
    ports:
      - &quot;8080:8080&quot;
    environment:
      DB_HOST: postgres
      DB_PORT: 5432
      ES_HOST: elasticsearch
      ES_PORT: 9200
    volumes:
      - gemma_files:/var/lib/gemma/files

volumes:
  pg_data:
  es_data:
  gemma_files:

version: "3.8"

services:

postgres:

image: postgres:13-alpine

environment:

POSTGRES_USER: gemma_user

POSTGRES_PASSWORD: ${POSTGRES_PASSWORD}

POSTGRES_DB: gemma_db

volumes:

- pg_data:/var/lib/postgresql/data

elasticsearch:

image: docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:8.9.0

environment:

- discovery.type=single-node

- ES_JAVA_OPTS=-Xms2g -Xmx2g

ulimits:

memlock:

soft: -1

hard: -1

volumes:

- es_data:/usr/share/elasticsearch/data

gemma:

image: registry.mycompany.com/gemma:2026.03

depends_on:

- postgres

- elasticsearch

ports:

- "8080:8080"

environment:

DB_HOST: postgres

DB_PORT: 5432

ES_HOST: elasticsearch

ES_PORT: 9200

volumes:

- gemma_files:/var/lib/gemma/files

volumes:

pg_data:

es_data:

gemma_files:

.env ファイルで機密情報を管理し、CI/CD のシークレットストアと連携させます。
elasticsearch:8.9.0 は Gemma CLI 2.5.0 がサポートする最新安定版です。

Conda 環境用設定ファイル（environment.yml）

name: gemma-env
channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - python=3.10
  - postgresql=13
  - openjdk=11
  - pip
  - pip:
      - gemma-cli==2.5.0   # PyPI に公開されている公式 CLI パッケージ

name: gemma-env

channels:

- conda-forge

dependencies:

- python=3.10

- postgresql=13

- openjdk=11

- pip

- pip:

- gemma-cli==2.5.0 # PyPI に公開されている公式 CLI パッケージ

Conda 環境でのサービス起動手順

conda env create -f environment.yml
conda activate gemma-env

# PostgreSQL のデータディレクトリを作成
initdb -D $CONDA_PREFIX/var/lib/postgresql/data
pg_ctl -D $CONDA_PREFIX/var/lib/postgresql/data -l logfile start

# Elasticsearch 起動（バックグラウンドで実行）
elasticsearch -d -p ${PWD}/es.pid

# Gemma CLI 初期化
gemma-cli init --db-host localhost --db-name gemma_db \
    --db-user gemma_user --db-pass $POSTGRES_PASSWORD \
    --es-host http://localhost:9200

conda env create -f environment.yml

conda activate gemma-env

# PostgreSQL のデータディレクトリを作成

initdb -D $CONDA_PREFIX/var/lib/postgresql/data

pg_ctl -D $CONDA_PREFIX/var/lib/postgresql/data -l logfile start

# Elasticsearch 起動（バックグラウンドで実行）

elasticsearch -d -p ${PWD}/es.pid

# Gemma CLI 初期化

gemma-cli init --db-host localhost --db-name gemma_db \

--db-user gemma_user --db-pass $POSTGRES_PASSWORD \

--es-host http://localhost:9200

ディレクトリはすべて Conda 環境内に閉じ込めることで、ホストへの影響を最小化します。
gemma-cli init が成功すると、必要なテーブルとインデックスが自動作成されます。

スキーマバージョン管理・マイグレーションとデータ整合性チェック

Gemma のスキーマは頻繁に拡張されるため、Flyway または Liquibase によるバージョン管理が必須です。ここでは Flyway を例に、設定ファイル・マイグレーション実行手順と、移行後のデータ整合性を自動検証するスクリプト例を示します。

Flyway 設定例（flyway.conf）

flyway.url=jdbc:postgresql://localhost:5432/gemma_db
flyway.user=gemma_user
flyway.password=${DB_PASSWORD}
flyway.locations=filesystem:/opt/flyway/sql
flyway.baselineVersion=1.0
flyway.baselineOnMigrate=true

flyway.url=jdbc:postgresql://localhost:5432/gemma_db

flyway.user=gemma_user

flyway.password=${DB_PASSWORD}

flyway.locations=filesystem:/opt/flyway/sql

flyway.baselineVersion=1.0

flyway.baselineOnMigrate=true

sql ディレクトリに V2026_03__add_new_table.sql のような バージョン付スクリプト を配置します。

マイグレーション実行

flyway -configFiles=flyway.conf migrate

1 2	flyway -configFiles=flyway.conf migrate

成功時は標準出力に Successfully applied X migrations と表示されます。

整合性チェックの自動化スクリプト（check_integrity.sh）

#!/usr/bin/env bash
set -euo pipefail

# 1. テーブル行数比較
echo &quot;=== 行数比較 ===&quot;
psql -U gemma_user -d gemma_db -c &quot;\
    SELECT 'dataset', COUNT(*) FROM dataset UNION ALL \
    SELECT 'expression_data', COUNT(*) FROM expression_data;&quot; &gt; /tmp/count_new.txt

# 2. MD5 ハッシュで全テーブル内容を検証（ソート必須）
echo &quot;=== MD5 ハッシュ比較 ===&quot;
psql -U gemma_user -d gemma_db -c &quot;\
    SELECT md5(string_agg(t::text, '')) FROM (SELECT * FROM expression_data ORDER BY id) t;&quot; \
    &gt; /tmp/md5_new.txt

# 3. DEG 解析結果の差分チェック（例として 5 行だけ比較）
gemma-cli deg --experiment EXP001 --output /tmp/deg_new.tsv
head -n 5 /tmp/deg_new.tsv &gt; /tmp/deg_head_new.tsv
diff /tmp/deg_head_old.tsv /tmp/deg_head_new.tsv &amp;&amp; echo &quot;DEG 差分なし&quot;

echo &quot;=== 整合性チェック完了 ===&quot;

#!/usr/bin/env bash

set -euo pipefail

# 1. テーブル行数比較

echo "=== 行数比較 ==="

psql -U gemma_user -d gemma_db -c "\

SELECT 'dataset', COUNT(*) FROM dataset UNION ALL \

SELECT 'expression_data', COUNT(*) FROM expression_data;" > /tmp/count_new.txt

# 2. MD5 ハッシュで全テーブル内容を検証（ソート必須）

echo "=== MD5 ハッシュ比較 ==="

psql -U gemma_user -d gemma_db -c "\

SELECT md5(string_agg(t::text, '')) FROM (SELECT * FROM expression_data ORDER BY id) t;" \

> /tmp/md5_new.txt

# 3. DEG 解析結果の差分チェック（例として 5 行だけ比較）

gemma-cli deg --experiment EXP001 --output /tmp/deg_new.tsv

head -n 5 /tmp/deg_new.tsv > /tmp/deg_head_new.tsv

diff /tmp/deg_head_old.tsv /tmp/deg_head_new.tsv && echo "DEG 差分なし"

echo "=== 整合性チェック完了 ==="

スクリプトは CI パイプライン に組み込むことで、リリースごとの回帰検証が自動化できます。

ダウンタイム削減策・セキュリティ設定・パッチ適用・トラブルシューティング

本章では、本番環境への影響を最小限に抑えるための リードレプリカ と ブルー/グリーンデプロイ、さらに API キーや OAuth の安全な移行手順、2026 年版パッチ適用時の注意点、代表的エラーと対処法を網羅します。

リードレプリカ構築とブルー/グリーンデプロイフロー

PostgreSQL リードレプリカ作成
bash pg_basebackup -h primary_host -D /var/lib/postgresql/replica \ -U replicator -P --wal-method=stream # postgresql.conf に hot_standby = on を追記し、再起動
ブルー（現行）とグリーン（新バージョン）の同時稼働
Docker Compose で gemma_blue と gemma_green の二つのサービスを立ち上げ、ヘルスチェックが OK になるまで待機。
トラフィック切替（例：NGINX の upstream を切り替える）
bash # Blue → Green 切替コマンド例 curl -XPOST http://nginx/api/switch?to=green

効果：サービス停止時間は数秒以内に抑えられ、ロールバックも即座に可能です。

API キー・OAuth の安全な移行手順

手順	詳細
1. 新キー生成	Gemma 管理画面 `/admin/api-keys` → 「Create new」→ 即時有効化
2. 秘密情報の暗号化保管	HashiCorp Vault の `secret/gemma/api-key` に保存し、アクセスは token‑auth のみ許可
3. 旧キー無効化	新キーが全クライアントに展開されたことを確認後、旧キーを即座に削除
4. OAuth クライアント登録	`gemma-cli oauth register --client-id $ID --client-secret $SECRET` → 環境変数 `OAUTH_CLIENT_ID/SECRET` に注入

ネットワーク制限は Docker Compose の network_mode: bridge から VPC 内プライベートサブネットへ変更し、セキュリティグループで IP アドレスレンジを限定してください。

2026 年パッチ適用と Elasticsearch 8.x 互換性確認

Gemma CLI 2.5.0 以降は Elasticsearch 8.x が公式サポートされています。パッチ適用手順は次の通りです。

# Docker イメージを最新版に更新
docker pull gemma/gemma:2.5.1
docker tag gemma/gemma:2.5.1 registry.mycompany.com/gemma:2026.06
docker push registry.mycompany.com/gemma:2026.06

# コンテナ再起動（ダウンタイムを最小化するために Rolling Update 推奨）
docker compose up -d --no-deps --scale gemma=2 gemma

# Docker イメージを最新版に更新

docker pull gemma/gemma:2.5.1

docker tag gemma/gemma:2.5.1 registry.mycompany.com/gemma:2026.06

docker push registry.mycompany.com/gemma:2026.06

# コンテナ再起動（ダウンタイムを最小化するために Rolling Update 推奨）

docker compose up -d --no-deps --scale gemma=2 gemma

互換性チェック
bash # Gemma CLI のバージョン確認 gemma-cli version # 必ず 2.5.0 以上

# Elasticsearch インデックスマッピングが 8.x 用に自動変換されたか curl -s http://localhost:9200/_mapping | jq '.'

よくあるエラーと対処法（FAQ）

エラー	原因例	推奨対策
`psql: could not connect to server`	DB コンテナ未起動、`DB_HOST` 誤設定	`docker compose ps` で状態確認 → `.env` の `POSTGRES_PASSWORD` 再設定
Elasticsearch インデックス不整合	バージョン差異、マイグレーション未実施	`gemma-cli reindex --force` を実行しインデックス再構築
`permission denied`（pg_dump）	実行ユーザーにスーパーユーザ権限がない	DB 管理者で `GRANT ALL ON DATABASE gemma_db TO gemma_user;` を付与
暗号化キー漏洩疑惑	環境変数に平文保存	秘密情報は Vault/KMS から取得し、プロセス外部に保持しない

ベストプラクティス：エラーログはすべて 集中ログ管理システム（例：ELK Stack） に集約し、アラート設定を行うことで再発防止が可能です。

まとめ

項目	推奨構成・手順
コンポーネントバージョン	PostgreSQL 13、Elasticsearch 8.9、Gemma CLI 2.5.0（Docker イメージは `gemma/gemma:2.5.0`）
バックアップ取得	`pg_dump -Fc` + AES‑256 暗号化 (`openssl enc`) → Vault/KMS で管理する鍵で暗号化、`gemma-export` によるメタ情報 JSON/TSV エクスポート
Docker イメージ運用	バージョンタグ（例 `2.5.0`）と SHA256 ダイジェストでロックし、プライベートレジストリへプッシュ
新環境構築	Docker Compose か Conda のいずれでも再現可能。Elasticsearch は 8.x 系を使用
スキーマ管理	Flyway（または Liquibase）でバージョン管理、CI パイプラインに `check_integrity.sh` を組み込み
ダウンタイム削減	リードレプリカ＋ブルー/グリーンデプロイで数秒以下の切替が実現可能
セキュリティ・キー管理	Vault/KMS で暗号化鍵を保管、API キーは Vault シークレットとして保存し CI/CD のみ参照
パッチ適用と互換性	Gemma CLI 2.5.0+ が Elasticsearch 8.x をサポート。イメージ更新後はロールアウト方式でデプロイ
トラブルシューティング	代表的エラー表を参照し、ログ集約・アラート設定で迅速に復旧

上記の手順とベストプラクティスに従うことで、Gemma データベースの 安全なバックアップ取得 → 新環境への移行 → 本番稼働 を計画的かつ最小ダウンタイムで実施できます。公式ドキュメント（https://gemma.msl.ubc.ca/docs/）と Docker Hub のリポジトリ情報を併せて定期的に確認し、バージョンや脆弱性情報の最新状態を保つことが成功への鍵です。

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